2021年5月28日，生态环境部、商务部、国家发展和改革委员会、住房和城乡建设部、中国人民银行、海关总署、国家能源局、国家林业和草原局联合发布《关于加强自由贸易试验区生态环境保护推动高质量发展的指导意见》。
文件中提出:
支撑服务国家区域发展重大战略。支持北京、天津、河北自贸试验区参与碳排放权、排污权交易市场建设，开展生态环境治理合作，服务京津冀协同发展。推动长江经济带沿线自贸试验区产业转型升级，建设绿色产业体系，探索走出一条生态优先、绿色发展的新路子。
支持广东自贸试验区创新粤港澳环境科技合作，建设美丽湾区。推动海南在生态文明体制改革上先行一步，为全国生态文明建设作出表率。加快上海、江苏、浙江、安徽自贸试验区低碳发展。陕西、湖北、河南、山东自贸试验区加快产业低碳转型，发展绿色环保产业，推动黄河流域生态保护和高质量发展。支持成渝地区双城经济圈在绿色产品研发设计、生产销售和物流配送等环节协同配合。鼓励福建、广西等自贸试验区聚焦重点领域开展协同创新，积极参与绿色丝绸之路建设。
推动能源清洁低碳利用。支持自贸试验区低碳发展，鼓励基础较好的片区建设近零碳/零碳排放示范工程。坚持节能优先，强化重点用能单位节能管理，实施能量系统优化、节能技术改造等重点工程。鼓励自贸试验区新（改、扩）建设项目实施煤炭减量替代，优先使用非化石能源和天然气满足新增用能需求。推动能源梯级利用，鼓励建设电、热、冷、气等多种能源协同互济的综合能源项目。推动新型储能产业化、规模化示范，促进储能技术装备和商业模式创新。支持海南建设清洁能源岛。坚决遏制“两高”项目盲目发展。开展绿色能源供应模式试点，在确保安全的前提下，研究试点建设一批兼具天然气、储能、氢能、快速充换电等功能的综合站点。探索开展规模化、全链条碳捕集利用和封存试验示范工程建设。
加快发展绿色低碳交通运输。推动沿海沿河自贸试验区大宗货物集疏港运输向铁路和水路转移，有条件的自贸试验区新建或改扩建铁路专用线。实施多式联运示范工程，支持全程冷链运输、电商快递班列等多式联运试点示范创建。鼓励将老旧车辆和非道路移动机械替换为清洁能源车辆。公共交通、物流配送等领域新增或更新车辆，鼓励使用新能源或清洁能源汽车。积极推广应用电动和天然气动力船舶。
积极参与碳市场建设。鼓励自贸试验区企业参与碳排放权交易。支持地方自主开展林业碳汇等具有明显生态修复和保护效益的温室气体自愿减排项目。鼓励北京自贸试验区设立全国自愿减排等碳交易中心。鼓励自贸试验区利用现有产业投资基金，加大对碳减排项目的支持力度，引导社会资本参与气候投融资试点。